TL;DR — Resumen Rápido

Resuelva errores de cálculo de ISR en CONTPAQi Nóminas: tablas desactualizadas, subsidio al empleo, periodo de pago incorrecto y CFDI con ISR erróneo.

Error en el Cálculo del ISR en CONTPAQi Nóminas

CONTPAQi Nóminas es uno de los sistemas de nómina más usados en México, pero el cálculo del ISR (Impuesto Sobre la Renta) por retención a trabajadores es una de las fuentes de error más frecuentes. Los mensajes más habituales son “Error en el cálculo del ISR”, “Error al aplicar tabla de ISR Art. 96 LIF” o simplemente montos de retención incorrectos que el PAC rechaza al momento del timbrado.

Este artículo cubre todas las causas conocidas y los pasos exactos para resolverlas, desde tablas desactualizadas hasta CFDI con ISR inválido.

El Error

Los errores de ISR en CONTPAQi Nóminas se manifiestan de varias formas:

  • Mensaje explícito: “Error en el cálculo del ISR” al procesar la nómina.
  • Mensaje de tabla: “Error al aplicar tabla de ISR Art. 96 LIF” — indica que la tabla está corrupta o no existe.
  • ISR en cero: El recibo calcula ISR = $0.00 para trabajadores que sí deberían retener.
  • ISR negativo: El sistema produce un ISR negativo en periodos que no corresponden al ajuste anual.
  • Rechazo en timbrado: El PAC rechaza el CFDI nómina porque el nodo <Impuesto> tiene un valor de ISR que no cuadra con el salario registrado.
  • Subsidio al empleo incorrecto: El subsidio se aplica a trabajadores que ya superan el tope de ingresos.

Causa del Problema

Las causas raíz son distintas según el síntoma:

SíntomaCausa Raíz
”Error en el cálculo del ISR”Tablas ISR del ejercicio no cargadas o dañadas
ISR en cero o negativo fuera del ajustePeriodo de pago no coincide con la frecuencia real
Subsidio al empleo incorrectoTabla de subsidio desactualizada o límites de ingreso mal configurados
ISR anual con diferencia grandePercepciones exentas (aguinaldo, PTU, PV) calculadas sin límite UMA
CFDI rechazado por ISRTabla corrupta o recibo no recalculado antes de timbrar
Error al ajuste anualEl proceso genera montos negativos que CONTPAQi no puede retener

Solución Paso a Paso

Paso 1. Actualizar las Tablas de ISR (Art. 96 LISR)

Las tablas de ISR deben actualizarse cada año fiscal. Si CONTPAQi Nóminas tiene las tablas del ejercicio anterior, todos los cálculos de retención serán incorrectos.

  1. Vaya a Configuración → Tablas de ISR.
  2. Verifique que aparezca una tabla para el año en curso (ej. “2025” o “2026”).
  3. Si la tabla no existe o está vacía, actualice CONTPAQi Nóminas a la última versión de Service Pack — la actualización incluye las tablas vigentes.
  4. Alternativamente, descargue el Anexo 8 de la Resolución Miscelánea Fiscal del portal del SAT e impórtelo manualmente desde Configuración → Importar Tablas ISR.
  5. Después de importar, cierre y vuelva a abrir la empresa en CONTPAQi Nóminas.

Paso 2. Verificar el Periodo de Pago del Trabajador

El ISR se calcula aplicando la tabla mensual, quincenal o semanal según la frecuencia de pago. Si el periodo configurado en CONTPAQi no coincide con la realidad, el ISR resulta incorrecto.

  1. Vaya a Catálogo de Empleados y abra el expediente del trabajador afectado.
  2. Verifique el campo “Periodo de Pago”: debe coincidir exactamente con la frecuencia de los recibos (Semanal, Catorcenal, Quincenal, Mensual).
  3. Si está incorrecto, corrija el campo, guarde el cambio y recalcule los recibos del periodo actual.
  4. Recuerde: la tabla ISR que CONTPAQi aplica depende del periodo — una nómina quincenal usa la tabla “Quincenal Art. 96 LISR”, no la mensual.

Paso 3. Verificar el Subsidio al Empleo

El subsidio al empleo es un crédito fiscal que reduce el ISR a pagar para trabajadores de ingresos bajos. Su aplicación incorrecta genera ISR menor al real o recibos con subsidio pagado a quien no le corresponde.

  1. Vaya a Configuración → Tablas de ISR → Subsidio al Empleo.
  2. Confirme que la tabla de subsidio del año en curso esté cargada.
  3. Abra el recibo de un trabajador con salario bajo y verifique:
    • El campo “Subsidio al Empleo” muestra un monto positivo (crédito).
    • El ISR a retener = ISR calculado − Subsidio al empleo (puede resultar en $0 si el subsidio cubre el ISR).
  4. Si el subsidio se aplica a un trabajador con salario mensual superior al tope (revisar la tabla vigente), corrija la configuración de percepciones del empleado.

Paso 4. Calcular Correctamente los Ingresos Exentos (Límites en UMA)

Las siguientes percepciones tienen una parte exenta que no se incluye en la base gravable del ISR. Si CONTPAQi las toma como 100% gravadas, el ISR quedará inflado.

PercepciónLímite ExentoExcedente
Aguinaldo30 días de UMA/año100% gravado
Prima Vacacional15 días de UMA/año100% gravado
PTU15 días de UMA/año100% gravado
Horas extra (dobles)Hasta 3 salarios mínimos/semanaExcedente gravado

UMA 2026: $113.14 diarios / $3,439.26 mensuales (verifique el valor vigente en el portal del INEGI).

Para verificar la configuración en CONTPAQi Nóminas:

  1. Vaya a Catálogo de Conceptos y abra el concepto de Aguinaldo, Prima Vacacional o PTU.
  2. Verifique que tenga marcado “Aplica exención UMA” y que el número de días UMA sea el correcto.
  3. Recalcule la nómina para que los cambios surtan efecto.

Paso 5. Ejecutar el Ajuste Anual de ISR

Al cierre del ejercicio (generalmente en la nómina de diciembre o la primera de enero), CONTPAQi Nóminas debe ejecutar el Ajuste Anual de ISR para reconciliar el ISR retenido durante el año con el ISR real anual.

  1. Vaya a Procesos → Cálculo Anual de ISR.
  2. Seleccione el ejercicio fiscal que se cierra.
  3. El sistema calcula la diferencia:
    • Diferencia positiva (a cargo del trabajador): Se retiene en la nómina de enero/febrero.
    • Diferencia negativa (a favor del trabajador): Se devuelve o compensa.
  4. Si el ajuste produce montos negativos que exceden la nómina del trabajador, CONTPAQi mostrará un error. En ese caso, configure la devolución como pago de nómina especial en el concepto correcto.

Paso 6. Validar el ISR en el CFDI de Nómina Antes del Timbrado

Antes de enviar el CFDI al PAC para timbrado, valide que el ISR en el XML sea consistente:

  1. Genere el recibo pero no lo timbre todavía.
  2. Exporte el XML del recibo desde Nómina → Exportar CFDI.
  3. Abra el XML en un editor de texto y localice el nodo: 
    <cfdi:Impuesto TasaOCuota="..." TipoFactor="Tasa" Base="..." Impuesto="002" TipoImpuesto="Retencion" Importe="..."/>
  4. Verifique que el Importe del ISR (Impuesto 002) coincide con lo calculado manualmente.
  5. Si hay discrepancia, corrija las tablas o la configuración del empleado y regenere el recibo.
  6. Timbre solo cuando el XML sea correcto.

Solución Alternativa

Si las tablas de ISR están dañadas (corruptas) y no puede importarlas manualmente, utilice la herramienta de reparación de CONTPAQi:

  1. Cierre CONTPAQi Nóminas completamente.
  2. Abra el instalador de CONTPAQi Nóminas y seleccione “Reparar”.
  3. La reparación reinstala las tablas de ISR predeterminadas de la versión instalada.
  4. Una vez reparado, actualice al último Service Pack para obtener las tablas del ejercicio vigente.
  5. Vuelva a abrir la empresa y verifique que las tablas estén disponibles en Configuración → Tablas de ISR.

Si el problema persiste con un trabajador específico, cree un empleado de prueba con las mismas características y calcule un recibo de prueba para aislar si el error es de datos o de configuración global.

Prevención

Para evitar errores de ISR en el futuro:

  • Aplique los Service Packs de CONTPAQi Nóminas al inicio de cada año fiscal — las actualizaciones incluyen las tablas ISR, subsidio al empleo y UMA vigentes.
  • Revise el catálogo de conceptos al menos una vez por año para confirmar que las percepciones exentas tienen los límites UMA correctos.
  • Configure alertas de diferencia de ISR si la versión de CONTPAQi Nóminas lo permite — una diferencia mayor al 10% entre periodos consecutivos para el mismo trabajador es señal de alerta.
  • Valide el XML del CFDI antes de timbrar en al menos una nómina de muestra al inicio del ejercicio.
  • Documente el valor de la UMA vigente al inicio del año y comuníquelo al equipo de nómina para evitar errores en el cálculo manual de exenciones.

Problemas Relacionados

”Error al aplicar tabla de ISR Art. 96 LIF”

Este error específico indica que la tabla del Artículo 96 de la Ley del ISR para el periodo está ausente o dañada. A diferencia del error genérico de cálculo, este mensaje apunta directamente a la tabla. Solución: repare la instalación (ver sección anterior) o importe la tabla manualmente.

ISR del Complemento de Nómina Rechazado por el PAC

Si el PAC rechaza el CFDI con un código de error relacionado con ISR (frecuentemente error 404 o CFDI33130), el problema suele ser un ISR negativo o un ISR que no coincide con el salario base de cotización declarado. Verifique que el SBC en el expediente del trabajador esté actualizado.

Diferencias en el Acumulado Anual vs. Declaración Informativa

Al generar la Declaración Informativa de Sueldos y Salarios en CONTPAQi Nóminas, el ISR acumulado del año puede no cuadrar con la suma de retenciones periódicas. Esto ocurre cuando algunos recibos se recalcularon después de ser timbrados sin anular el CFDI previo. La solución es verificar que todos los recibos timbrados vigentes (no cancelados) sean los que conforman el acumulado.

Resumen

  • Actualice las tablas ISR Art. 96 LISR al inicio de cada año fiscal desde el Service Pack de CONTPAQi Nóminas.
  • Confirme que el periodo de pago del trabajador en CONTPAQi coincida con su frecuencia real de nómina.
  • Verifique que el subsidio al empleo use la tabla del año vigente y se aplique solo a quienes califican.
  • Calcule correctamente los ingresos exentos (aguinaldo, PTU, prima vacacional) usando los límites en UMA del año en curso.
  • Ejecute el ajuste anual de ISR al cierre del ejercicio y maneje los saldos a favor/cargo de forma correcta.
  • Valide el XML del CFDI nómina antes de cada timbrado, especialmente al inicio del ejercicio o tras actualizar tablas.

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